В случае, если в скважине проводились какие-либо работы, будь то смена трубы или очистка, надо проводить дезинфекцию скважины. Это необходимо, так как в результате работ, различные опасные микроорганизмы неизбежно попадут в скважину. В качестве дезинфекционного средства применяют хлор. Также обязательно необходимо провести дезинфекцию всего водопровода. После очистки скважины хлором для дехлорирования, другими словами, для удаления остаточного хлора, используют перекись водорода. Данные виды работ рекомендовано проводить только специалисту в этой области.